Авиакомпания «Трансаэро» была зарегистрирована 30 сентября 1990 года в качестве акционерного общества. Первый полет «Трансаэро» под собственным кодом — UN — был выполнен 5 ноября 1991 года по маршруту Москва — Тель-Авив.