Сергей более 30 лет углубленно занимается вопросами налогообложения компаний и граждан, а также проблемами инвестиционной деятельности, судопроизводства.
Как практик защищал права и интересы компаний в самых масштабных и значимых судебных спорах в Конституционном Суде РФ, Верховном Суде РФ, арбитражных судах о законности доначислений налогов и платежей, отмене не соответствующих законам актов Правительства РФ, министерств и ведомств, неконституционных положений законов, консультировал по вопросам налогообложения инвестиционной и текущей деятельности и др.
Входит в состав Совета по совершенствованию третейского разбирательства.
Под руководством Сергея Пепеляева юристы компании за несколько лет помогли клиентам сохранить более 8 млрд долл. благодаря урегулированию налоговых споров в судебном и досудебном порядке.